为您的工作选择合适的工具

您是否在权衡该为您的研究使用怎样合适的技术？目前科学界普遍认为，某些特定的应用优选用阵列进行而其他的用 RNA 测序 (RNA-Seq) 进行。此外，很多人看到了利用两种技术的优势进行表达研究的机会。

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微阵列芯片或 RNA-Seq-1

在基因区域以外

扩展您的生物标记物发现领域

由于转录组的复杂性，科学家们现在意识到将其范围扩展到基因水平以外非常重要。作为编码 RNA 和选择性剪接的关键调节子，已知 lncRNA 与多种疾病相关，扩展了其作为生物标记物和治疗靶点的可能性8。此外，由于估计有 95% 的人基因进行选择性剪接9,10，且已知此类事件出现紊乱与许多疾病高度相关9，因此选择性剪接变体也适合作为生物标记物11。

越来越多的证据表明，使用 RNA-Seq 识别 lncRNA 和选择性剪接事件非常具有挑战性。

  • 为了显示低丰度转录本和剪接连接，需要极深度测序 - 该情况下性价比较低12。
  • 使用 RNA-Seq 检测选择性剪接事件具有挑战性，因为具有采样噪声，并要求 > 3 亿个读段仅提供 80% 的置信度1,3。
  • 由于在文库准备时出现了显著偏倚，应谨慎解释外显子水平 RNA-Seq 结果——尤其是在寻找选择性剪接事件时13。

采用 Clariom D 解决方案超越基因水平

精确的结果

RNA-Seq 的准确度取决于读取深度。Clariom D 解决方案设计用于提供与两个完整 RNA-Seq 泳道相当的准确结果。

一项实验；多层生物学

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  • 使用只需 100 pg RNA 或 500 pg 降解福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) RNA 样品起始量即可进行整体基因表达谱分析，而使用 RNA-Seq 很难根据这些样品起始量进行检测
  • 更好地定量测定低丰度转录本7
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使用简单免费的 TAC 软件，您可以：
  • 识别基因、外显子和选择性剪接事件
  • 探索 miRNA 和靶基因网络之间的表达变化
  • 使用外显子和连接信号可视化基因模型
  • 筛选目标基因和通路
  • 直接链接到多个公共数据库
  • 以多种格式查看数据——火山图和散点图；mRNA-miRNA 交互网络；染色体总结；分层聚集和转录本同源异构体视图；WikiPathways 集成

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阵列或 RNA-Seq-6

进一步加快基因表达研究的速度

将测序与阵列相结合

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参考文献
  1. SEQC/MAQC-III 联盟.测序质量控制联盟对 RNA-Seq 准确性、重现性和信息内容进行的全面评估.
    Nature Biotechnology32(9):903–914 (2014).
  2. Hou, R., et al.下一代测序数据对多种生物学结果推论的深度影响.
    Science China Life Sciences56(2):104–109 (2013).
  3. Liu, Y., et al.评估测序对人类脂肪转录组谱分析的深度影响.
    PLoS One8(6):e66883 (2013).
  4. Wang, X., et al.长链非编码 RNA 的长臂：作为调节基因转录程序的传感器.
    Cold Spring Harbor Perspectives in Biology3(1):a003756 (2011).
  5. Necsulea, A., et al.四足动物中 lncRNA 组库的进化和表达模式.
    Nature505(7485):635–640 (2014).
  6. Mills, J. D., et al.链特异性 RNA-Seq 可提供更高分辨率的转录组谱分析.
    Current Genomics14(3):173–181 (2013).
  7. Xu W, et al.用于高通量临床研究的人转录组阵列．
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America108(9):3707–3712 (2011).
  8. Sanchez, Y., et al.长链非编码 RNA：诊断和治疗方面的挑战．
    Nucleic Acid Therapeutics23(1):15–20 (2013).
  9. Wang, E. T., et al.人组织转录组中的选择性同源异构体调节.
    Nature456(7221):470–476 (2008).
  10. Pan, Q., et al.通过高通量测序对人转录组中的选择性剪接复杂性进行深入调查.
    Nature Genetics40(12):1413–1415 (2008).
  11. Le, K. Q., et al.选择性剪接作为生物标记物和药物发明的潜在靶标.
    Acta Pharmacologica Sinica36(10):1212–1218 (2015).
  12. Li, S., et al.在 ABRF 下一代测序研究中使用 RNA-Seq 进行转录组谱分析的多平台评估.
    Nature Biotechnology32(9):915–925 (2014).
  13. Lahens, N. F., et al.IVT-seq 可显示 RNA 测序中存在的极端偏倚．
    Genome Biology15(6):R86 (2014).
    1. 使用下列样品制备试剂盒可保留链型：GeneChip™ WT Pico 试剂盒；GeneChip™ WT PLUS 试剂盒；GeneChip™ 3’ IVT PLUS 试剂盒；SensationPlus™ FFPE 扩增和 3’ IVT 标记试剂盒。
    2. 使用下列样品制备试剂盒不需要减少 rRNA 或球蛋白 mRNA：GeneChip™ WT Pico 试剂盒；GeneChip™ WT PLUS 试剂盒；GeneChip™ IVT Pico 试剂盒；SensationPlus™ FFPE 扩增和 WT 标记试剂盒；SensationPlus™ FFPE 扩增和 3’ IVT 标记试剂盒。使用 GeneChip™ 3’ IVT PLUS 试剂盒需要减少球蛋白 mRNA。
相关资源

仅供科研使用，不可用于诊断目的。