TaqMan 测定符合 MIQE 指南
MIQE 代表 实时荧光定量 PCR 实验出版物中最小信息量,是一套实时荧光定量 PCR (qPCR) 实验设计及数据报告实践指南以及与同事共享实验信息的标准。该标准旨在确保发布的实时荧光定量 PCR 研究有意义、准确,并为研究人员提供客观再现结果所需的信息。
Thermo Fisher Scientific 支持 MIQE 指南,提供所有必需信息,确保发布实时荧光定量 PCR 实验结果时符合 MIQE 要求。
关于这一点一直存在一些困惑,因为最初 MIQE 指南规定,研究人员必须公布所用测定的引物/探针序列。但是,这些序列随后被视为商业敏感信息,因此作者后来提出了一个修正案,规定可以引用“引物序列或扩增子上下游序列”(1)。
符合 MIQE 指南
测定设计
对于预设计的 Applied Biosystems TaqMan 测定,在备受推崇的同行评审出版物(如 Nature、Science 和 Nature Methods)中有超过 >40K 次引用,通常仅引用 TaqMan 测定 ID。因此,发布唯一标识符(如测定 ID)代替序列通常就已足够且被广泛接受。
然后,为了完全符合 MIQE 关于测定序列披露的指南,除了测定 ID,您还需要提供探针或扩增子上下游序列。
- 扩增子上下游序列包含完整的 PCR 扩增子。
- 探针上下游序列是包含完整探针序列的中心序列。
我们为发运的每个测定提供全面的测定信息文件 (AIF),其中包含所需的上下游序列。 按照以下步骤访问您的 AIF:
- 转到 thermofisher.com 上的 TaqMan 文件下载。
- 选择“TaqMan Assays”(TaqMan 测定)单选按钮。
- 输入销售订单编号和架/板 ID。
- .zip 文件夹将自动下载。
- 解压缩文件夹。.txt 和 .html 文件包含上下游序列。
按照以下说明,使用 TaqMan 测定搜索工具很容易找到扩增子上下游序列。如有需要,可以使用相同的流程生成探针上下游序列。
请务必注意,TaqMan 测定 ID 中的引物/探针序列会保持不变,确保测定参考始终保持相关性。
- 在 TaqMan 测定搜索工具中输入感兴趣的测定 ID。
- 当您收到搜索结果时,请单击“View Details”(查看详细信息)。
- 记录列出的任何 RefSeq 登录号 。
- 此外还可捕获该特定 RefSeq 登录号的 测定位置 和 扩增子长度 。
- 扩展测定位置:
对于探针上下游序列:
测定位置减去 12 和加上 12(例如 1026 – 12 = 1014/1026 + 12 = 1038)
对于扩增子上下游序列:
测定位置减去和加上扩增子长度
(例如 1026 – 101 = 925/1026 + 101 = 1127)
- 按照以下示例将 RefSeq 及位置值输入到提供的 URL 中:
探针上下游序列:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001128128.2?report=fasta&log$=seqview&format=text&from=1014&to=1038
扩增子上下游序列:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001128128.2?report=fasta&log$=seqview&format=text&from=925&to=1127 - 将带有适当 RefSeq 和位置值的 URL 复制/粘贴到 Internet 浏览器中,然后单击回车键。将生成序列。
探针上下游序列:
扩增子上下游序列:
TaqMan 测定搜索工具提供的信息
TaqMan 测定搜索工具提供了许多有用的信息,包括 Entrez 基因 ID、基因符号、通过测定查询到的对应 RefSeq ID 列表以及 GenBank mRNA 登录号。尽管我们不共享特异性寡核苷酸序列,但是我们提供扩增子长度、探针位置以及(如果适用)测定所跨越的外显子-外显子边界。最后,您可以查阅测定图谱,该图谱显示给定基因的所有测定如何与所有已知转录本匹配。
测定注释
本指南的 qPCR 靶标、qPCR 寡核苷酸和 qPCR 实验方案章节中要求的信息可在 Thermo Fisher Scientific 试剂实验方案中或从 Thermo Fisher Scientific 网站轻松获取。生物学相关的 TaqMan 测定注释信息见 AIF。
参考文献
- Bustin SA, Benes V, Garson JA, Hellemans J, Huggett J, Kubista M, Mueller R, Nolan T, Pfaffl MW, Shipley GL, Vandesompele J, Wittwer CT.Primer sequence disclosure: a clarification of the MIQE guidelines.Clin Chem.2011 Jun;57(6):919-21.
仅供科研使用,不可用于诊断目的。