特殊蛋白质凝胶支持 - 问题排查

一种可能的解释为蛋白质样品在电泳完毕之前发生再氧化。在Tricine系统中，还原型样品倾向于发生氧化。加入更多的还原剂并不能解决这个问题。一种方法是使用20 mM DTT在70℃下加热样品30分钟，再使用50 mM碘乙酸，使样品烷基化。另一种抑制氧化的方法是在电泳缓冲液中加入巯基乙酸。该方法的参考文献为Hunkapiller et al., Methods in Enzymology, (91), 399, 1983。使用该方法时应谨慎，因为巯基乙酸既有毒性，又很昂贵。此外，必须使用新鲜的TGA，因为TGA会随时间发生自氧化，并促进样品的再氧化。

若使用Tris-甘氨酸样品缓冲液进行Tricine凝胶电泳，会出现畸形条带且分辨率差。若不小心使用了Tris-甘氨酸电泳缓冲液进行Tricine凝胶电泳，那么，与使用Tris-甘氨酸电泳缓冲液进行Tris-甘氨酸凝胶电泳相比，Tricine凝胶电泳时间更长且分别率较差（特别是较小的蛋白质）。这是由于浓缩胶区域尺寸的增加（甘氨酸是比三甲基甘氨酸更慢的离子），并且Tricine凝胶的离子强度更高。

通常，Tricine凝胶的背景染色会稍高于Tris-甘氨酸凝胶。与Tris-甘氨酸凝胶中的对应部分相比，Tricine凝胶中相对较高的溶质浓度减慢了溶液进入凝胶的速度。为了改善这个情况，可通过优化方法延长第二步增敏作用的浸泡时间（可过夜）后再进行后续处理。

在上样前对样品进行短暂加热，能使一些小蛋白酶的结果更好。这是因为加热可使蛋白酶更好地变性，从而不会消化凝胶上的酪蛋白。这种方法也有助于改善条带的清晰度。

在NativePAGE™电泳期间，电流下降至低于1mA很常见。大部分电源会将此记录为“空载”错误并自动关闭，导致电泳停止。一些电源可通过禁用或关闭“负载检测”功能来避免上述情况的发生。

出现V形蛋白质条带是因为样品中存在DNA。在SDS增溶步骤后，通过增加超声处理步骤来剪切DNA，可使上述问题消失或最小化。此外，使用超速离心可从样品中去除DNA。