图 1.短 DNA 回收效率。cfDNA 高度片段化，主要片段长约 170 bp。为了考察 DNA 的大小依赖性回收率，将 50 bp DNA 分子量标准品加标至已剔除内源 cfDNA 的 4 mL 市售血浆中。将 50 µL 2 ng/µL DNA 分子量标准品和 60 µL Dynabeads MyOne SILANE 磁珠添加到已剔除 cfDNA 的血浆中。结合和洗涤步骤完成后，使用 50 µL 洗脱液对 DNA 进行洗脱。在装有 HS dsDNA 芯片的 Agilent Bioanalyzer 2100 上运行 1 µL 分子量标准品和 1 µL 提取的 DNA 样本，以评估 MagMAX cfDNA 分离试剂盒的回收效率。100-750 bp cfDNA 的回收率约为 100%，而 ≥800 bp DNA 的洗脱效率较低。<800 bp dsDNA 的高效回收可产生特异性富集 cfDNA 的洗脱 DNA 样本。
基于磁珠技术扩展性地提取循环 cfDNA
- 与 KingFisher 仪器配合使用时，45-60 分钟即可从 6-24 份样本中分离出游离 DNA
- 设计用于富集血液、血浆、血清中的小 (<300 bp) 循环 DNA，而非 gDNA，这意味着提高了回收率并降低了起始量
- 较宽的血浆、血清或尿液样本起始量范围 (500 µL-10 mL)
- 洗脱体积范围为 15 µL-50 µL，与 Ion Torrent Oncomine assay 或其他实时荧光定量 PCR、数字 PCR 和 NGS 平台兼容
液体活检工作流程
将该试剂盒与 KingFisher 仪器和 Oncomine assay配合使用，以优化从提取和纯化到分析的液体活检工作流程。
已针对游离 DNA 进行优化
游离 DNA (cfDNA) 是指血流或样本内所有未被包裹的 DNA。磁珠和经优化的化学组成意味着用户可以更高效地分离核酸，在特异性回收循环 cfDNA 的同时保留较大的 DNA 分子。核酸 cfDNA 富集可确保较短的片段化 DNA 得到浓缩，然后可以直接使用实时荧光定量 PCR、数字 PCR 或下一代测序进行下游分析。
性能更佳的磁珠
相比玻璃纤维过滤器，磁珠可以更高效地结合 DNA，从而获得更高、更一致的产量。此外，由于不使用过滤器和真空管，因此在提取过程中不会存在细胞颗粒物堵塞这些部件的风险。对于 cfDNA 研究中常用的富含蛋白质的大体积样本（例如血浆），尤其需要关注此类堵塞问题。
内含 Dynabead 磁珠
MagMAX 试剂盒利用Dynabeads磁珠（行业中的优质产品）进行样本提取。MagMAX 游离 DNA 分离试剂盒所含的 Dynabeads MyOne Silane 磁珠具有经过优化的类硅胶表面化学结构，它的比表面积较高，可实现高效动力学和高灵敏度核酸捕获。 这些特性使 Dynabeads MyOne Silane 磁珠成为回收无细胞体液中低浓度循环 cfDNA 靶标的理想选择。捕获后，可以使用少量 (15 µL-50 µL) 洗脱液对这些稀有 DNA 片段进行洗脱，之后可以直接用于下游应用。
 Applied Biosystems MagMAX 游离 DNA 提取试剂盒 立即订购 | |
| 样本类型 | 血清、血浆和尿液 |
| 样品起始量 | 0.5-10 mL 血浆， 0.1-10 mL 血清， 10 mL 尿液 |
| 产量 | 4 mL 血浆中可提取 40-50 ng |
| 洗脱体积 | 15-50 μL |
| 总处理时间 | 共 45-55 分钟（10-15 分钟手动操作时间） |
| 反应 (rxn) | 50次反应（血浆起始量 2 mL） 25次反应（血浆起始量 4 mL） |
| 运输条件 | 室温 |
| 试剂盒组分 | 1.5 mL MagMAX 游离DNA 磁珠 125 mL MagMAX 游离 DNA 裂解/结合溶液 100 mL MagMAX 游离 DNA 洗涤溶液 5 mL MagMAX 游离 DNA 洗脱溶液 |
| 货号 | A29319 |
阅读我们的应用指南
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图2.cfDNA 回收率的重现性。为了考察重现性，从 4 mL 血浆中提取 cfDNA，并使用 50 µL 洗脱液洗脱。对来自4份样本的血浆样本进行处理，一式两份。使用 2% E-Gel EX 琼脂糖凝胶对 20 µL 提取的 DNA 进行分析。分析表明，每组平行样本具有相同的 cfDNA 产量，~170 bp 核糖体单体单元清晰可见。
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图 3.支持自动化。血浆起始量至多为 5 mL 时，可以使用 KingFisher Flex（每次运行24份样本）或 KingFisher Duo Prime（每次运行6份样本）系统进行自动化处理。将试剂和血浆样本上样至 KingFisher 反应板后，40分钟左右即可得到富集的 cfDNA 样本。使用 MagMAX cfDNA 试剂盒时，KingFisher 自动富集系统和手动处理呈现出类似的富集性能。对4份样本进行处理，每份样本 4 mL，然后将洗脱的 DNA 上样至 DNA HS 芯片，并在 Agilent Bioanalyzer 2100 上运行。KingFisher Flex（红色）和 KingFisher Duo（蓝色）的重叠谱图表明其具有相似的回收性能。所有4份样本的产量和大小分布均大致相同。
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图4.可扩展性。使用 MagMAX cfDNA 试剂盒时，可处理的样品量和可回收的 DNA 都具有高度可扩展性。将 120 bp 和 170 bp 长的双链 DNA (dsDNA) 加标至血浆样本中，样本起始量为 10 ng-200 ng。在该起始量范围内，两个 DNA 加标物具有一致、有效的回收率（图 A）。为了证明样本量可以扩展，从来自同一样本的 4 mL 和 10 mL 血浆样本中分离了 cfDNA。 不出所料，10 mL 血浆的 DNA 产量约为 4 mL 血浆样本 DNA 产量的2.5倍（图 B & C），而前者的总蛋白残留量仅略高于后者（图 D）。
图 5.蛋白质残留。使用 Qubit Protein Assay 对通过两种分离方法提取的 DNA 中的蛋白质污染进行定量。即使 MagMAX 方案不使用蛋白酶 K，而试剂盒 Q 在开始时于 60℃ 下进行了30分钟的蛋白酶 K 消化，MagMAX 样本的蛋白残留量仍比试剂盒 Q 少得多。
cfDNA 提取方案
下载使用 KingFisher Flex 和 Duo 仪器提取 cfDNA 的方案。
| 实验方案类型 | KingFisher Duo | KingFisher Flex |
|---|---|---|
| 2 mL 运行程序 | MagMAX cfDNA-2mL-DUO.bdz | MagMAX cfDNA-2mL-Flex.bdz |
| 4 mL 运行程序 | MagMAX cfDNA-4mL-DUO.bdz | MagMAX cfDNA-4mL-Flex.bdz |
| 600 μL 运行程序 | - | KingFisher 文件：MagMAX-cfDNA-600ul-Flex96R-V1.bdz |
| 标准 | KingFisher Duo Protocol MagMAX cfDNA | KingFisher Flex Protocol MagMAX cfDNA |
癌症研究相关产品
使用 MagMAX 试剂盒纯化游离核酸样品中的高品质核酸。适用于一系列研究应用，包括下一代测序（NGS）、qPCR 和数字 PCR。
 MagMAX 游离总核酸提取试剂盒 纯化游离循环 DNA、RNA 和 miRNA 立即订购 |  MagMAX FFPE DNA/RNA Ultra 试剂盒 从 立即订购 | |
| 样品体积 | 血浆 1.0-6 mL | 5-40 μm 标准起始量（切片或卷曲组织） |
| 洗脱体积 | 15–60 μL | 20-50 µL |
| 每次运行的时间 | 使用 KingFisher 仪器总共需要 90 分钟，包括 10-15 分钟的手动操作时间 | 提取 DNA 需20分钟，提取 RNA 需48分钟 |
| 自动化/高通量 |
|
|
| 货号 | A36716 | A31881 |
液体活检工作流程
将该试剂盒与 KingFisher 仪器和 Oncomine assay配合使用，以优化从提取和纯化到分析的液体活检工作流程。
已针对游离 DNA 进行优化
游离 DNA (cfDNA) 是指血流或样本内所有未被包裹的 DNA。磁珠和经优化的化学组成意味着用户可以更高效地分离核酸，在特异性回收循环 cfDNA 的同时保留较大的 DNA 分子。核酸 cfDNA 富集可确保较短的片段化 DNA 得到浓缩，然后可以直接使用实时荧光定量 PCR、数字 PCR 或下一代测序进行下游分析。
性能更佳的磁珠
相比玻璃纤维过滤器，磁珠可以更高效地结合 DNA，从而获得更高、更一致的产量。此外，由于不使用过滤器和真空管，因此在提取过程中不会存在细胞颗粒物堵塞这些部件的风险。对于 cfDNA 研究中常用的富含蛋白质的大体积样本（例如血浆），尤其需要关注此类堵塞问题。
内含 Dynabead 磁珠
MagMAX 试剂盒利用Dynabeads磁珠（行业中的优质产品）进行样本提取。MagMAX 游离 DNA 分离试剂盒所含的 Dynabeads MyOne Silane 磁珠具有经过优化的类硅胶表面化学结构，它的比表面积较高，可实现高效动力学和高灵敏度核酸捕获。 这些特性使 Dynabeads MyOne Silane 磁珠成为回收无细胞体液中低浓度循环 cfDNA 靶标的理想选择。捕获后，可以使用少量 (15 µL-50 µL) 洗脱液对这些稀有 DNA 片段进行洗脱，之后可以直接用于下游应用。
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| 样本类型 | 血清、血浆和尿液 |
| 样品起始量 | 0.5-10 mL 血浆， 0.1-10 mL 血清， 10 mL 尿液 |
| 产量 | 4 mL 血浆中可提取 40-50 ng |
| 洗脱体积 | 15-50 μL |
| 总处理时间 | 共 45-55 分钟（10-15 分钟手动操作时间） |
| 反应 (rxn) | 50次反应（血浆起始量 2 mL） 25次反应（血浆起始量 4 mL） |
| 运输条件 | 室温 |
| 试剂盒组分 | 1.5 mL MagMAX 游离DNA 磁珠 125 mL MagMAX 游离 DNA 裂解/结合溶液 100 mL MagMAX 游离 DNA 洗涤溶液 5 mL MagMAX 游离 DNA 洗脱溶液 |
| 货号 | A29319 |
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图 1.短 DNA 回收效率。cfDNA 高度片段化，主要片段长约 170 bp。为了考察 DNA 的大小依赖性回收率，将 50 bp DNA 分子量标准品加标至已剔除内源 cfDNA 的 4 mL 市售血浆中。将 50 µL 2 ng/µL DNA 分子量标准品和 60 µL Dynabeads MyOne SILANE 磁珠添加到已剔除 cfDNA 的血浆中。结合和洗涤步骤完成后，使用 50 µL 洗脱液对 DNA 进行洗脱。在装有 HS dsDNA 芯片的 Agilent Bioanalyzer 2100 上运行 1 µL 分子量标准品和 1 µL 提取的 DNA 样本，以评估 MagMAX cfDNA 分离试剂盒的回收效率。100-750 bp cfDNA 的回收率约为 100%，而 ≥800 bp DNA 的洗脱效率较低。<800 bp dsDNA 的高效回收可产生特异性富集 cfDNA 的洗脱 DNA 样本。
图2.cfDNA 回收率的重现性。为了考察重现性，从 4 mL 血浆中提取 cfDNA，并使用 50 µL 洗脱液洗脱。对来自4份样本的血浆样本进行处理，一式两份。使用 2% E-Gel EX 琼脂糖凝胶对 20 µL 提取的 DNA 进行分析。分析表明，每组平行样本具有相同的 cfDNA 产量，~170 bp 核糖体单体单元清晰可见。
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图 3.支持自动化。血浆起始量至多为 5 mL 时，可以使用 KingFisher Flex（每次运行24份样本）或 KingFisher Duo Prime（每次运行6份样本）系统进行自动化处理。将试剂和血浆样本上样至 KingFisher 反应板后，40分钟左右即可得到富集的 cfDNA 样本。使用 MagMAX cfDNA 试剂盒时，KingFisher 自动富集系统和手动处理呈现出类似的富集性能。对4份样本进行处理，每份样本 4 mL，然后将洗脱的 DNA 上样至 DNA HS 芯片，并在 Agilent Bioanalyzer 2100 上运行。KingFisher Flex（红色）和 KingFisher Duo（蓝色）的重叠谱图表明其具有相似的回收性能。所有4份样本的产量和大小分布均大致相同。
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图4.可扩展性。使用 MagMAX cfDNA 试剂盒时，可处理的样品量和可回收的 DNA 都具有高度可扩展性。将 120 bp 和 170 bp 长的双链 DNA (dsDNA) 加标至血浆样本中，样本起始量为 10 ng-200 ng。在该起始量范围内，两个 DNA 加标物具有一致、有效的回收率（图 A）。为了证明样本量可以扩展，从来自同一样本的 4 mL 和 10 mL 血浆样本中分离了 cfDNA。 不出所料，10 mL 血浆的 DNA 产量约为 4 mL 血浆样本 DNA 产量的2.5倍（图 B & C），而前者的总蛋白残留量仅略高于后者（图 D）。
图 5.蛋白质残留。使用 Qubit Protein Assay 对通过两种分离方法提取的 DNA 中的蛋白质污染进行定量。即使 MagMAX 方案不使用蛋白酶 K，而试剂盒 Q 在开始时于 60℃ 下进行了30分钟的蛋白酶 K 消化，MagMAX 样本的蛋白残留量仍比试剂盒 Q 少得多。
cfDNA 提取方案
下载使用 KingFisher Flex 和 Duo 仪器提取 cfDNA 的方案。
| 实验方案类型 | KingFisher Duo | KingFisher Flex |
|---|---|---|
| 2 mL 运行程序 | MagMAX cfDNA-2mL-DUO.bdz | MagMAX cfDNA-2mL-Flex.bdz |
| 4 mL 运行程序 | MagMAX cfDNA-4mL-DUO.bdz | MagMAX cfDNA-4mL-Flex.bdz |
| 600 μL 运行程序 | - | KingFisher 文件：MagMAX-cfDNA-600ul-Flex96R-V1.bdz |
| 标准 | KingFisher Duo Protocol MagMAX cfDNA | KingFisher Flex Protocol MagMAX cfDNA |
癌症研究相关产品
使用 MagMAX 试剂盒纯化游离核酸样品中的高品质核酸。适用于一系列研究应用，包括下一代测序（NGS）、qPCR 和数字 PCR。
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| 样品体积 | 血浆 1.0-6 mL | 5-40 μm 标准起始量（切片或卷曲组织） |
| 洗脱体积 | 15–60 μL | 20-50 µL |
| 每次运行的时间 | 使用 KingFisher 仪器总共需要 90 分钟，包括 10-15 分钟的手动操作时间 | 提取 DNA 需20分钟，提取 RNA 需48分钟 |
| 自动化/高通量 |
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| 货号 | A36716 | A31881 |
如何纯化循环游离 DNA（cfDNA）
了解如何手动和自动化纯化血浆样品中的循环游离 DNA。
MagMAX 游离 DNA 分离试剂盒
该试剂盒基于磁珠进行纯化，可让您轻松处理各种起始量的样本 (500 µL-10 mL)。与 Thermo Scientific KingFisher Duo Prime 或 KingFisher Flex 纯化系统配合使用时，一次可以分离 6-24 份起始量为 2 mL 的血浆/血清样本。或者，也可以使用磁力架手动处理样本。
MagMAX 游离 DNA 分离试剂盒具有以下优势：
- 支持自动化、无苯酚提取
- 操作快速，与 KingFisher Duo Prime 或 KingFisher Flex（配有24深孔板磁头）配合使用时，可以在40分钟或更短的时间内处理 6-24 份样本
- 方案灵活，能够适应起始量为 500 µL-10 mL 的血浆、血清或尿液样本
- 基于 Invitrogen Dynabeads MyOne Silane 磁珠的 MagMAX 技术优势，可实现一致的游离 DNA 分离
- 洗脱体积为 15 µL-50 µL
通过富集游离 DNA，获取大量数据信息
分离并分析血浆、血清或尿液中的循环游离DNA（cfDNA），作为监测某些疾病状态（例如癌症）相关靶标的非侵入性检测方法。
获取该宝贵信息的第一步是高效分离核酸，在特异性回收循环 cfDNA 的同时保留较大的 DNA 分子。cfDNA 富集可确保较短的片段化 DNA 得到浓缩，以备使用实时荧光定量 PCR、数字 PCR 或下一代测序技术进行下游分析。
MagMAX 游离 DNA 分离试剂盒设计用于以手动和自动化方式从起始量范围较宽 (0.5 mL-10 mL) 的样本中分离 cfDNA。无苯酚磁珠分离使该试剂盒完全适合进行自动化分离。
该试剂盒具有可扩展性，适用于各种起始量的样本，因此使用单个试剂盒可以处理不同数量的样本。例如，每个试剂盒提供的试剂足以处理50份 2 mL 血浆样本或血清样本。或者，也可以处理25份 4 mL 血浆样本或血清样本。样品起始量可以根据需要放大或缩小，唯一的影响是处理样品的总数不同。该试剂盒的这一特性使科学家能够根据特定需求定制方案。
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