免疫共沉淀磁珠上的重组Protein A和/或Protein G不含白蛋白结合位点,可避免污染蛋白的共纯化。抗体与磁珠在溶液中的结合,是一个平衡反应。为获得最多的抗体,应采用较低的反应体积,以维持磁珠和抗体的高浓度。由于无需对样品进行预处理(即使是粘稠样品),因此,无需稀释样品或磁珠。如果怀疑样品中的抗体浓度非常低,可增加磁珠的使用量。
作为从磁珠上将抗体洗脱下来一种方法,Dynabeads可在磷酸钠盐缓冲液中重悬。防止发生共洗脱,可在免疫沉淀前将抗体和 Protein A/G交联。这一步对于下游SDS-PAGE及放射自显影或免疫印迹分析是不必要的,对于银染或考马斯染料染色是可选的。